Футбол, как профессиональный вид спорта, в КСХИ стал активно развиваться в 1964 году. Первым тренером по футболу стал Забутов Леон Михайлович. В этом же году сборная команда КСХИ по футболу стала победителем первенства среди вузов министерства сельского хозяйства СССР. В разные годы тренерами по футболу в Кубанском ГАУ были:
Забутов Л.М. – 1964-1968 гг.;
Ерошкин С.В. – 1969 – 1979 гг.;
Жувака А.С. – 1980 – 1984 гг.;
Клипа А.В. – 1984 – 1999 гг.;
Сальников А.С. – 1999 – 2001 гг.;
Мамедов Е.А. – 2001 – 2003 гг.
С 2003 года и по настоящее время сборную команду по футболу, а с 2005 года – по мини-футболу тренирует чемпион мира по футболу среди юношей, мастер спорта СССР Лемиш Владислав Юрьевич.
С 2019 года сборную команду по футболу тренирует Немыкин Андрей Алексеевич.
