Агрономический факультет — старейший факультет Кубанского государственного аграрного университета — создан в сентябре 1918 года. В течение многих лет на факультете работали выдающиеся ученые: В.С. Богдан, А.А. Шмук, А.И.Смирнов, Н.А. Максимов, М.Е. Подтягин, А.И. Носатовский, М.П. Архангельский, П.С. Ерыгин, А.С. Мержаниан, Д.Н. Бекетовский, С.Н. Соколов, Г.Ф. Расходов, А.Ф. Бучинский, П.Г. Асмаев, Е.Б. Величко, А.И. Симакин, И.С. Косенко, И.К. Цитович, Е.С. Блажний, Н.И. Володарский, Герои Советского Союза: Н.Е. Редькин и Е.А. Костылев, внесшие большой вклад в становление университета и развитие аграрной науки в стране.
Гордостью факультета являются его выпускники — всемирно известные ученые-селекционеры, дважды Герои Социалистического Труда, лауреаты Сталинской и Ленинской премий, академики П.П. Лукьяненко и B.C. Пустовойт, имена которых присвоены ФГБНУ «Национальному центру зерна» и ФГБНУ «ФНЦ «Всероссийскому научно-исследовательскому институту масличных культур». Эти ученые внесли огромный вклад в теорию селекции и создали уникальные высокопродуктивные сорта озимой пшеницы и подсолнечника.
За годы существования факультета здесь подготовлено свыше 17 тысяч ученых агрономов, которые работают в АПК Краснодарского края и за его пределами в качестве агрономов подразделений, главных агрономов, руководителей хозяйств, в научно-исследовательских учреждениях края, возглавляют районные и краевые ведомства. Среде них 15 Героев Труда Кубани.
В разные годы факультет возглавляли И.С. Косенко, И.А. Кузнецов, Н.Е. Редькин, А.И. Симакин, Е.А. Костылев, Б.И. Тарасенко, Ю Н. Багров, Н.Н. Сиротенко, В.Г. Сергеев, А.Ф. Любич.
С 2005 года деканом факультета является д-р с.-х. наук, профессор А.И. Радионов. С 2010 года в состав агрономического факультета влился факультет экологии и с этого года объединенный факультет называется факультетом агрономии и экологии.
Заместители декана: по учебной работе доценты Казакова В.В. и Герасименко В.Н., по воспитательной работе – ассистент А.А. Магомедтагиров и ст. преподаватель Жилинская К.В., помощник декана по практическому обучению – доцент Гладков В.Н.
За последние десять лет издано свыше 50 учебников и более 100 учебных пособий, 62 монографии, опубликовано свыше 1000 научных статей, разработано более 800 методических указаний.
Преподаватели факультета ведут внедренческую и консультационную работу в АПК Кубани, сотрудничают со многими вузами и научно-исследовательскими институтами края, России, с зарубежными научными и учебными заведениями. На базе агрономического факультета ежегодно проводятся «Дни поля Кубани», многочисленные семинары, совещания, в том числе международные.
На факультете агрономии и экологии с 2006 года внедряется инновационно-образовательная программа «Производство, переработка и сертификация продукции растениеводства» приоритетного национального проекта «Образование».
Студенты факультета, в т. ч. и 50 из зарубежных стран проходят практики в Опытной станции, Центре искусственного климата, Ботаническом саду, базовых хозяйствах Кубани.
На факультете работают более 70 преподавателей, в том числе 3 Академика РАН, 20 докторов и 44 кандидата наук, а также ведущие ученые научно-исследовательских институтов, руководители краевых ведомств.
Кроме обучающихся бакалавров и магистров по направлению «Агрономия» ведётся подготовка студентов по направлению «Экология и природопользование», которые успешно трудоустраиваются в экологических, природоохранных службах, предприятиях и НИИ Краснодарского края